Świątynia w stylu neogotyckim wybudowana została w latach 1899-1903, wg. projektu arch. Konstantego Wojciechowskiego, dzięki datkom i pracy wiernych  pod  kierownictwem  ówczesnego proboszcza ks. Jana Szafrańskiego .Konsekracji dokonał w dniu 19 czerwca 1904 roku bp Stanisław Zdzitowiecki.

W latach 1953-1954 staraniem ks.Kazimierza Szałkowskiego (proboszcz w latach 1952-1975)kościół gruntownie wyremontowano i pomalowano.

W latach 1982-1984 z inicjatywy proboszcza ks.Stanisława Grzybowskiego założone zostały witraże a w 1986 roku światynię w Witowie pokryto blachą miedzianą. Renowacja polichromii i odnowienie ołtarzy świątyni nastąpiło  w 1997 roku.

W 2004 roku parafia Witowo obchodziła Jubileusz 100-lecia konsekracji kościoła. Jako wotum wdzięczności na ten Jubileusz ,staraniem obecnego ks.Proboszcza Andrzeja Aniszczyka i mieszkańców parafii postawiono w kościele nowy marmurowy ołtarz. Jego konsekracji 18 czerwca 2004 roku dokonał ks.bp Wiesław Alojzy Mering-pasterz diecezji włocławskiej.

W 2013 roku z inicjatywy Proboszcza ks.Andrzeja Aniszczyka i dzięki ofiarności parafian wykonana  została iluminacja kocioła parafialnego, który jest najstarszym budynkiem zabytkowym w centrum miejscowości Witowo.

Obok kościoła znajdują się budunki parafialne;plebania, budynek gospodarczy, stodoła i organistówka.Teren przykościelny od strony drogi powiatowej nr.267 został w 2012 roku zagospodarowany i utwardzony, jako parking dla samochodów parafian.